شهید صدر با تألیف کتاب فلسفتنا از مرزهای عقیدتی اسلام و توحید در برابر ماده گرایی و شکاکیت حفاظت کرد. این کتاب همان نقش را در کشورهای عربی و عراق داشت که اصول فلسفه و روش رئالیسم علامه طباطبایی و شهید مطهری در ایران داشت. وی بنا داشت تا با تألیف مجتمعنا اندیشه های اسلام را درباره زندگی اجتماعی انسان و شیوه های تحلیل و تفسیر جامعه ارائه دهد، اما به علت نیاز جامعه و زندگی مردم به نگارش اقتصادنا روی آورد تا نظام اقتصادی اسلام و اندیشه های بنیادین آن را در ارتباط شبکه ای با کل اسلام تبیین کند. همچنین شهید صدر در کتاب الاسس المنطقیة الاستقراء در پی طرح نوینی برای حل معضل استقرا و ارائه بنیادی منطقی برای استقرا بود که در نتیجه آن مشکل علم تجربی حل و کیفیت تولید علم تبیین شود.

هدف او از نگارش این آثار، تبیین اسلام در قالب نظامی کامل و تمام عیار برای زندگی و شیوه ای برای تربیت انسان بود. به نظر صدر، آموزه های اسلام را باید همچون نظامی هماهنگ همبسته و جامع مبتنی بر بنیان های محکم با پشتوانه منطقی ارائه کرد که با نیازمندی های زمانه هماهنگ و متناسب باشد.[۱] صدر با تأکید بر استقلال فکری اسلام از سایر نظام های فکری در مقابل روش های انفعالی خودباختگان و شیفتگان مقلدوار تمدن و فرهنگ غربی ایستاد و از این طریق، جریان فکر گسترده ای را در میان جوانان عراق و برخی طلاب حوزه علمیه نجف به وجود آورد که بر ژرفانگری برخاسته از دیدگاه کلی و کامل اسلام نسبت به هستی، زندگی، اجتماع، سیاست و اقتصاد تأکید داشتند. به همین جهت جریان فعالی در راه مصونیت بخشی و ایمن سازی فکری در میان روشنفکران متعهد و جوانان مسلمان در برابر هجوم اندیشه های غربی و تقویت بنیان های فکری به وجود آمد. صدر معتقد بود می توان اسلام را در عرصه اجتماعی و تمدنی اجرا کرد، از همین رو بود که در آستانه پیروزی انقلاب اسلامی ایران، همراه شاگردانش در متن حوزه علمیه نجف، از امام خمینی(ره) و انقلاب اسلامی حمایت کرد و آثار متعددی را در تبیین مبانی انقلاب و نظام جمهوری اسلامی تدوین کرد و سرانجام در راه همین آرمان به شهادت رسید.

شهید صدر از نخستین نظریه پردازان حوزه علوم انسانی اسلامی بود و با ارائه مباحث روش شناختی دقیق، الگویی عملیاتی برای تولید علوم انسانی اسلامی ارائه کرد. ویژگی مهم شهید صدر در بین بسیاری از نظریه پردازان این حوزه در این است که ایشان فقط به الگوسازی اکتفا نکرد، بلکه در برخی زمینه های انسانی، به ویژه اقتصاد، آن را اجرایی کرد و آثار متعددی را در همین راستا تولید کرده است که پس از گذشت نیم قرن هنوز آن تولیدات زنده و محکم هستند. همچنین ایشان در اواخر عمر شریفش الگوی خود را در زمینه اجتماع و شناخت جامعه و سیاست عملیاتی کرد و نتایج بسیار جالب توجهی را در علم الاجتماع اسلامی[۲] و سیاست اسلامی[۳] ارائه کرده است.

شهید آیت الله سیدمحمد باقر صدر از طریق ارائه دیدگاه های عمیق فقهی، اصولی و فلسفی در ایجاد و بازسازی علوم انسانی با رویکرد دینی، دارای الگویی کارآمد، منطقی و قابل قبول است. مفاهیم مکتب، منطقه الفراغ، روش کشفی، توالد ذاتی چهار کلید واژه اصلی روش شناسی شهید صدر در علوم انسانی اسلامی است.

شهید صدر با کنکاش دقیق در وضعیت انسان معاصر به کشف و شناخت دقیق مشکلات و تناقضات مسلط بر روابط اجتماعی انسان معاصر پرداخت و با تفکیک میان نوع رابطه انسان و طبیعت و رابطه انسان با همنوعان، مهمترین مسئله انسان معاصر را جستجو در چیستی و کیفیت نظام اصلح و مسیر سعادت انسان دانست؛ اگرچه شهید صدر در باب نقش و تأثیرگذاری مستقیم دین اسلام در علوم انسانی از معنای خاص کلمه علم یعنی کشف حقیقت و توصیف روابط انسانی سخن به میان نیاورده است، او نظام سازی معرفتی و مکتبی را ضرورت اساسی حیات بشری معرفی می کند که نقش تعیین کننده ای در نظم زندگی انسان، هماهنگی میان انگیزه های درونی و مصالح عمومی و تغییر و تحول حیات انسانی ایفا می کند.

به نظر او مکاتب غربی همچون مارکسیسم و لیبرالیسم به علت محدود بودن ایده و آرمانهای شان نمی توانند مبنای خوبی برای نظام اصلاح و دغدغه اصلی انسان معاصر باشند تا بتوانند سعادت و رفاه جامع آنان را تأمین کنند، بلکه برعکس آنها در تهی کردن انسان از حقیقت وجودی اش و محدود کردن انسان به امور مادی مؤثر بوده اند، چرا که به همه جوانب زندگی و ساحات وجودی انسان توجه نداشتند و فقط به آرمانها و ایده آلهای مادی بسنده کردند، در حالی که تناقضات اجتماعی انسان در تناقضی ریشه دارتر یعنی تناقض درونی انسان ریشه دارد و تنها مکتبی می تواند این مشکل را در روابط انسانها حل کنند که در یک زمان در دو سطح کار کند، هم در برطرف کردن تناقضهای اجتماعی در میدان تاریخی تلاش می کند و در همان وقت و قبل و بعد آن جدال درونی انسان را که ریشه در حب ذات دارد، حل کند و تناقضهای اجتماعی را از سرچشمه بخشکاند.

به نظر صدر فقط دین اسلام است که توانایی دارد توده ها را در معیار عملی و نظم اجتماعی متحد و هماهنگ کند و مصالح اجتماعی و همه جوانب مختلف زندگی را در چارچوب آن حفظ کند، چون الله را ایده آل مطلق حود قرار داده است، پس پیوسته می تواند مردم را به حرکت درآورد و نیرو ببخشد. در منظومه فکری شهید صدر، توحید و جهان بینی توحیدی زیرساخت اصلی دین اسلام و تمامی نظامات اجتماعی را تشکیل می دهد و می تواند مبنای محکمی برای نظم اجتماعی، ساخت جامعه و علم باشد. از این رو معتقد بود که اسلام را باید در قالب یک مکتب زندگی ساز به بشریت معرفی کرد و زمینه های تحقق عینی و عملی آن را فراهم کرد. در راستای این هدف کلان، به مکتب سازی و ساخت نظامات اجتماعی در پرتو اسلام روی آورد و با تفکیک مکتب از علم، به تقدم مکتب سازی بر تولید علم تأکید می ورزید. براساس این مبنا، راه حل معضلات اجتماعی بشر و تبیین زندگی سعادتمند در گرو شناخت و استنباط اجتماعی نظامهای اجتماعی برآمده از اسلام و تحقق آنها در عینیت جامعه اسلامی است. پس از آنکه نظام های اجتماعی اسلام در جامعه عینیت و تحقق یافت و روابط انسانها براساس آن شکل گرفت، دانشمندان می توانند به مطالعه و کنکاش در روابط اجتماعی بپردازند و علوم انسانی اجتماعی به وجود آورند. بنابراین به طور غیرمستقیم، علوم انسانی در جامعه اسلامی متأثر از نظامهای اسلامی و نوع روابط اجتماعی برآمده از آن هستند؛ چرا که وقتی جامعه اسلامی محقق شد، روابط آن جامعه نیز متفاوت از جوامع دیگر خواهد بود و کشف آن روابط، کشف جدیدی است، البته به نظر شهید صدر می توان از دستاوردهای بشری در علوم مختلف، البته با جداسازی اکتشافات واقع از مکتب حاکم بر آنها، بهره گرفت.

به طور خلاصه الگوی عملیاتی تحقق عینی اسلام در اندیشه شهید صدر در پنج گام تعریف می شود:

گام اول، معرفی اسلام به عنوان یک مکتب جهان شمول و زندگی ساز

گام دوم، استخراج مکاتب و نظامات اجتماعی از جمله مکاتب اقتصادی، مکتب اجتماعی، مکتب تربیتی و ... به نحوی که همه آنها دارای روابط سیستمی و اجزایی از یک کل باشند.

گام سوم، تحقق جامعه اسلامی براساس نظامات اجتماعی اسلام

گام چهارم، مطالعه و بررسی علمی روابط اجتماعی در بستر جامعه اسلامی و بررسی فراز و نشیبهای نظامات اسلامی در عینیت جامعه

گام پنجم، تولید علوم مورد نیاز جامعه اسلامی در پرتو مکتب اسلام.

بنابراین در این الگو بخشهای وسیعی از آنچه امروزه بنام علوم انسانی خوانده می شود از قلمرو علم به معنای کشف تجربی واقع خارج می شود و داخل قلمرو مکتب به معنای منظومه ای به هم پیوسته از بایدها و نبایدها و ... می شود که عامل اصلی سعادت و نظم اجتماعی است و زیربنای همه احکام و ساختارهای حیاتی و ابعاد اجتماعی انسان است و به طور قطع اسلام عهده دار این بخش از معارف انسانی و اجتماعی است.

همچنین شهید صدر میان روش شناسی مکتب سازی و تولید علم تفاوت قائل است و معتقد است مکتب و نظامات اجتماعی عام را باید از متون دینی به روش تفسیری و اجتهاد دینی به دست آورد، اما در باب تولید علم باید بیشترین تکیه را بر منطق ذاتی و توالد ذاتی داشت که از ابتکارات خود شهید صدر است. ایشان در بررسی مبانی منطقی استقرا در پی التهاب یقین موضوعی در استقرا است که ضمن تفاوت با یقین منطقی و یقین ذاتی (روان شناختی)، یقینی موجه و مدلل و مبتنی بر قرارین و شواهد خارجی است و می تواند پایه مطمئنی برای معرفت و علوم بشری باشد که به واسطه استقرا حاصل می شود. بر این مبنا، استقرا می تواند مبانی منطقی مشترک میان علوم طبیعی و ایمان به خدا باشد.

ویژگی مهم و اساسی نظریه و الگوی شهید صدر در تبیین علوم انسانی اسلامی نسبت با سایر متفکران و نظریه پردازان این حوزه در این است که ایشان فقط به ارائه الگوی کلی و بیان مبانی و مبادی آن اکتفا نکردند، بلکه نظر خود را در چند عرصه به ویژه اقتصاد پیاده کردند که در حقیقت از تحقیقات ارزشمند و منابع مهم اقتصاد اسلامی به شمار می آید.[۴]​